AT5G06320.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NDR1/HIN1-like 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a protein whose sequence is similar to tobacco hairpin-induced gene (HIN1) and Arabidopsis non-race specific disease resistance gene (NDR1). Expression of this gene is induced by cucumber mosaic virus, spermine and Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000. The gene product is localized to the plasma membrane. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NDR1/HIN1-like 3 (NHL3); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: defense response to virus, defense response to bacterium, response to bacterium; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 28 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Late embryogenesis abundant protein, group 2 (InterPro:IPR004864); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NDR1/HIN1-like 2 (TAIR:AT3G11650.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:1931016..1931711 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25948.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 231 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADLNGAYYG PSIPPPKKVS HSHGRRGGGC GCLGDCLGCC GCCILSVIFN ILITIAVLLG IAALIIWLIF RPNAIKFHVT DAKLTEFTLD PTNNLRYNLD 101: LNFTIRNPNR RIGVYYDEIE VRGYYGDQRF GMSNNISKFY QGHKNTTVVG TKLVGQQLVL LDGGERKDLN EDVNSQIYRI DAKLRLKIRF KFGLIKSWRF 201: KPKIKCDLKV PLTSNSTSGF VFQPTKCDVD F |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)