AT5G05700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : arginine-tRNA protein transferase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an arginyl-tRNA:protein transferase (ATE1), a component of the N-end rule pathway that targets protein degradation through the identity of the amino-terminal residue of specific protein substrates. Arabidopsis contains two ATE genes: At5g05700/ATE1, At3g11240/ATE2. Another component of the N-end rule pathway is At5g02310/PROTEOLYSIS6 (PRT6). PRT6 and ATE were shown to regulate seed after-ripening, seedling sugar sensitivity, seedling lipid breakdown, and abscisic acid (ABA) sensitivity of germination. Mutants of ATE1 also display delayed leaf senescence. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
arginine-tRNA protein transferase 1 (ATE1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Arginine-tRNA-protein transferase, N-terminal (InterPro:IPR007471), Arginine-tRNA-protein transferase 1, eukaryotic (InterPro:IPR017137), Arginine-tRNA-protein transferase, C-terminal (InterPro:IPR007472); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: arginine-tRNA protein transferase 2 (TAIR:AT3G11240.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:1712950..1715639 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 71544.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 632 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSLKNDASSS HDGGSNRESV IDDHGRRKST CGYCKSPARS SISHGLSAQT LTVYDYQALI DRGWRRSGTY LYKHEMDKTC CPPYTIRLKA SDFVPTKEQQ 101: RVSRRLERFL DGKLDVQPRE QRGASSSGDV SDTRRKTLGA AKSEENKKVE AVMDDLSKNI DQAVQLCIRS GEFPSNMQIP KASVKKVFCA RRKKLAEGTE 201: QILYTSNIAF PIAAAIKRIQ TSEKEGINSA EGNRLSPETI SEMLLSAMHK VGETPDVSIK VCKGHINFLS SAKDSFSDRD VVPNGNISRG ANSLDGSETL 301: HAKKDSENHQ ARKRKLEIHL KRSSFDPEEH ELYKRYQLKV HNDKPGHVVE SSYRRFLVDS PLIDVQPSGD EKVPPCGFGS FHQQYRIDGR LIAVGVVDIL 401: PKCLSSVYLF WDPDYAFLSL GKYSAIQEIN WVIENQARCP SLQYYYLGYY IHSCSKMRYK AAYRPSELLC PLRFQWVPFE VARPMLDKKP YVILSDIAIS 501: HNQCSLLAGA SETLVEPAAS EHEDMEQGET NDNFMGCSDE DEDEDEDDDD DDDDDEEMYE TESEDSHIES DPGSKDNDIN NILIGLYGSQ YRYKEMRQII 601: TPVGRKQLEP MLQSYRKVVG AELSERMVYE IN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)