AT5G05130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNA/RNA helicase protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
DNA/RNA helicase protein; FUNCTIONS IN: in 6 functions; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021), HIP116, Rad5p N-terminal (InterPro:IPR014905), SNF2-related (InterPro:IPR000330); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DNA/RNA helicase protein (TAIR:AT5G22750.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:1512173..1514918 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 96351.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 862 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAQFLRRFSS SPMANEDEFQ SPVEPSQQQS QDCVSESYLI GFVIANIVGL KYYSGRINGR EMVGLVREPL NVYDNNAIRV LNTRSEQVGH IERTVAAVLA 101: PMIDSHTIVV EGIVPNTRSN SNRYRIPCQI HVFAKLEASS TVKSTISRGG LVLISESDTS FGLSEAVVVK EQMGNGDKRS VDKIFKLVDE NVKLMGKLVA 201: AEPPREVIKS ELFAHQKEGL GWLLHREKSG ELPPFWEEKD GEFLNTLTNY RSDKRPDPLR GGVFADDMGL GKTLTLLSLI AFDRYGNAST STPTEEPLDG 301: EGDKIEKKGK KRGRGKSSES VTRKKLKTDD VVGMNVSQKT TLIVCPPSVI SAWITQLEEH TVPGILKVYM YHGGERTDDV NELMKYDIVL TTYGTLAVEE 401: SWEDSPVKKM EWLRIILDEA HTIKNANAQQ SRVVCKLKAS RRWAVTGTPI QNGSFDLYSL MAFLRFEPFS IKSYWQSLIQ RPLGQGNKKG LSRLQVLMAT 501: ISLRRTKEKS LIGLPPKTVE TCYVELSPEE RQLYDHMEGE AKGVVQNLIN NGSLMRNYST VLSIILRLRQ LCDDMSLCPP ELRSFTTSTS VEDVTDKPEL 601: LQKLVAALQD GEDFDCPICI SPPTNIIITR CAHIFCRACI LQTLQRSKPL CPLCRGSLTQ SDLYNAPPPP PDSSNTDGED AKSSTKSSKV SALLSLLMAS 701: RQENPNTKSV VFSQFRKMLL LLETPLKAAG FTILRLDGAM TVKKRTQVIG EFGNPELTGP VVLLASLKAS GTGINLTAAS RVYLFDPWWN PAVEEQAMDR 801: IHRIGQKQEV KMIRMIARNS IEERVLELQQ KKKNLANEAF KRRQKKDERE VNVEDVVALM SL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)