AT5G03860.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : malate synthase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with malate synthase activity. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
malate synthase (MLS); FUNCTIONS IN: malate synthase activity; INVOLVED IN: glyoxylate cycle; EXPRESSED IN: seed, leaf; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Malate synthase-like (InterPro:IPR011076), Malate synthase, conserved site (InterPro:IPR019830), Malate synthase A (InterPro:IPR006252), Malate synthase (InterPro:IPR001465); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:1032276..1034527 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 63890.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 562 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MELETSVYRP NVAVYDSPDG VEVRGRYDQI FAKILTREAL SFVAELQREF RGHVKYAMEC RREARRRYNS GAVPGFDPST KFIRDGDWSC ASVPPAVADR 101: RVEITGPVER KMIINALNSG AKVFMADFED ALSPSWENLM RGHVNLKDAV DGSITFHDKS RNRVYKLNDQ TAKLFVRPRG WHLPEAHILI DGEPATGCLV 201: DFGLYFFHNY AKFRQTQGSG FGPFFYLPKM EHSREAKIWN SVFERAEKMA GIERGSIRAT VLIETLPAVF QMNEILYELR DHSVGLNCGR WDYIFSYVKT 301: FQAHPDRLLP DRVLVGMGQH FMRSYSDLLI RTCHKRGVHA MGGMAAQIPI RDDPKANEMA LDLVRKDKLR EVRAGHDGTW AAHPGLIPIC MEAFTGHMGK 401: SPNQIKSVKR EDAAAITEED LLQIPRGVRT LEGLRLNTRV GIQYLAAWLT GSGSVPLYNL MEDAATAEIS RVQNWQWIRY GVELDGDGLG VRVSKELFGR 501: VVEEEMERIE KEVGKDKFKN GMYKEACKMF TKQCTAPELD DFLTLAVYNH IVAHYPINVS RL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)