AT5G03290.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : isocitrate dehydrogenase V | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a catalytic subunit of the mitochondrially-localized NAD+- dependent isocitrate dehydrogenase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
isocitrate dehydrogenase V (IDH-V); FUNCTIONS IN: isocitrate dehydrogenase (NAD+) activity, zinc ion binding, ATP binding; INVOLVED IN: isocitrate metabolic process, tricarboxylic acid cycle, metabolic process; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase (InterPro:IPR001804), Isocitrate dehydrogenase NAD-dependent, mitochondrial (InterPro:IPR004434), Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site (InterPro:IPR019818); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: isocitrate dehydrogenase VI (TAIR:AT3G09810.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:794043..795939 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40626.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 374 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTMAANLARR LIGNRSTQIL GAVNSSSGAA SSVARAFCSS TTPITATLFP GDGIGPEIAE SVKKVFTTAG VPIEWEEHYV GTEIDPRTQS FLTWESLESV 101: RRNKVGLKGP MATPIGKGHR SLNLTLRKEL NLYANVRPCY SLPGYKTRYD DVDLITIREN TEGEYSGLEH QVVRGVVESL KIITRQASLR VAEYAFLYAK 201: THGRERVSAI HKANIMQKTD GLFLKCCREV AEKYPEITYE EVVIDNCCMM LVKNPALFDV LVMPNLYGDI ISDLCAGLVG GLGLTPSCNI GEDGVALAEA 301: VHGSAPDIAG KNLANPTALL LSGVMMLRHL KFNEQAEQIH SAIINTIAEG KYRTADLGGS STTTEFTKAI CDHL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)