AT5G02460.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Dof-type zinc finger DNA-binding family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Dof-type zinc finger DNA-binding family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, Dof-type (InterPro:IPR003851); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DNA binding with one finger 2.4 (TAIR:AT2G37590.1); Has 1212 Blast hits to 1182 proteins in 84 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 69; Fungi - 10; Plants - 1097; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 32 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:539549..541058 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42533.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 399 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVFSSFPTYP DHSSNWQQQH QPITTTVGFT GNNINQQFLP HHPLPPQQQQ TPPQLHHNNG NGGVAVPGGP GGLIRPGSMA ERARLANIPL PETALKCPRC 101: DSTNTKFCYF NNYSLTQPRH FCKACRRYWT RGGALRSVPV GGGCRRNKRT KNSSGGGGGS TSSGNSKSQD SATSNDQYHH RAMANNQMGP PSSSSSLSSL 201: LSSYNAGLIP GHDHNSNNNN ILGLGSSLPP LKLMPPLDFT DNFTLQYGAV SAPSYHIGGG SSGGAAALLN GFDQWRFPAT NQLPLGGLDP FDQQHQMEQQ 301: NPGYGLVTGS GQYRPKNIFH NLISSSSSAS SAMVTATASQ LASVKMEDSN NQLNLSRQLF GDEQQLWNIH GAAAASTAAA TSSWSEVSNN FSSSSTSNI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)