AT4G39850.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 1.000 ASURE: peroxisome What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : peroxisomal ABC transporter 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a peroxisomal protein of the ATP binding cassette (ABC) transporter class (PMP subfamily) with significant identity to the human X-linked adrenoleukodystrophy protein (ALDP). The gene product promotes germination and represses embryo dormancy. ABI3, ABA1, FUS3 and LEC1 are epistatic to this gene. Mutants accumulate fatty acyl CoA suggesting a defect in uptake of fatty acyl CoA into the peroxisome. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
peroxisomal ABC transporter 1 (PXA1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter, N-terminal (InterPro:IPR010509), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC transporter, transmembrane domain, type 1 (InterPro:IPR011527), ABC transporter integral membrane type 1 (InterPro:IPR017940), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ABC transporter family protein (TAIR:AT1G54350.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:18489220..18496762 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 149585.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1337 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MPSLQLLQLT ERGRGLVASR RKSILLAAGI VAAGGTAVYL KSRVASRRPD SSRLCNGQSD DDETLEKLTA TDQNAKITTK KKKGGGLKSL QVLTAILLSQ 0101: MGKMGARDLL ALVATVVFRT ALSNRLAKVQ GFLFRAAFLR RAPLFLRLIS ENIMLCFMLS TLHSTSKYIT GALSLRFRKI LTKIIHSHYF ENMVYYKISH 0201: VDGRITHPEQ RIASDVPRFS SELSDLILDD LTAVTDGILY AWRLCSYASP KYIFWILAYV LGAGTAIRNF SPSFGKLMSK EQQLEGEYRQ LHSRLRTHSE 0301: SIAFYGGETR EESHIQQKFK NLVSHMSHVL HDHWWFGMIQ DFLLKYLGAT VAVILIIEPF FSGHLRPDDS TLGRAEMLSN IRYHTSVIIS LFQALGTLSI 0401: SSRRLNRLSG YADRIHELMA VSRELSGDDK SSFQRNRSRN YLSEANYVEF SDVKVVTPTG NVLVEDLTLR VEQGSNLLIT GPNGSGKSSL FRVLGGLWPL 0501: VSGHIVKPGV GSDLNKEIFY VPQRPYMAVG TLRDQLIYPL TSGQESELLT EIGMVELLKN VDLEYLLDRY QPEKEVNWGD ELSLGEQQRL GMARLFYHKP 0601: KFAILDECTS AVTTDMEERF AAKVRAMGTS CITISHRPAL VAFHDVVLSL DGEGGWSVHY KRDDSALLTD AEIDSVKSSD TDRQNDAMVV QRAFAAARKE 0701: SATNSKAQSY QTQLIARSPV VDKSVVLPRF PQPQTSQRAL PSRVAAMLNV LIPTIFDKQG AQLLAVACLV VSRTLISDRI ASLNGTTVKY VLEQDKAAFV 0801: RLIGLSVLQS GASSIIAPSL RHLTQRLALG WRIRLTQHLL RNYLRNNAFY KVFHMSGNSI DADQRLTRDL EKLTADLSGL LTGMVKPSVD ILWFTWRMKL 0901: LTGQRGVAIL YTYMLLGLGF LRRVAPDFGD LAGEEQQLEG KFRFMHERLN THAESIAFFG GGAREKAMVD KKFRALLDHS LMLLRKKWLY GILDDFVTKQ 1001: LPNNVTWGLS LLYALEHKGD RALVSTQGEL AHALRYLASV VSQSFMAFGD ILELHKKFLE LSGGINRIFE LDEFLDASQS GVTSENQTSR LDSQDLLSFS 1101: EVDIITPAQK LMASKLSCEI VSGKSLLVTG PNGSGKTSVF RVLRDIWPTV CGRLTKPSLD IKELGSGNGM FFVPQRPYTC LGTLRDQIIY PLSKEEAEKR 1201: AAKLYTSGES STEAGSILDS HLKTILENVR LVYLLERDVG GWDATTNWED ILSLGEQQRL GMARLFFHRP KFGVLDECTN ATSVDVEEQL YRVARDMGVT 1301: FITSSQRPAL IPFHSLELRL IDGEGNWELR SIEQTTE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)