AT4G38630.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : regulatory particle non-ATPase 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Regulatory particle non-ATPase subunit of the 26S proteasome with multiubiquitin-chain-binding capabilities | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
regulatory particle non-ATPase 10 (RPN10); FUNCTIONS IN: peptide receptor activity; INVOLVED IN: in 19 processes; LOCATED IN: cytosol, proteasome regulatory particle, base subcomplex, proteasome complex, nucleus, membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ssl1-like (InterPro:IPR007198), Ubiquitin interacting motif (InterPro:IPR003903), von Willebrand factor, type A (InterPro:IPR002035); Has 677 Blast hits to 665 proteins in 240 species: Archae - 0; Bacteria - 16; Metazoa - 271; Fungi - 148; Plants - 120; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 122 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:18057357..18059459 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40759.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 386 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVLEATMICI DNSEWMRNGD YSPSRLQAQT EAVNLLCGAK TQSNPENTVG ILTMAGKGVR VLTTPTSDLG KILACMHGLD VGGEINLTAA IQIAQLALKH 101: RQNKNQRQRI IVFAGSPIKY EKKALEIVGK RLKKNSVSLD IVNFGEDDDE EKPQKLEALL TAVNNNDGSH IVHVPSGANA LSDVLLSTPV FTGDEGASGY 201: VSAAAAAAAA GGDFDFGVDP NIDPELALAL RVSMEEERAR QEAAAKKAAD EAGQKDKDGD TASASQETVA RTTDKNAEPM DEDSALLDQA IAMSVGDVNM 301: SEAADEDQDL ALALQMSMSG EESSEATGAG NNLLGNQAFI SSVLSSLPGV DPNDPAVKEL LASLPDESKR TEEEESSSKK GEDEKK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)