AT4G38530.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.996 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phospholipase C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative phosphoinositide-specific phospholipase C. There are two genes called ATPLC1, one corresponding to AT4g38530 (this one) and one corresponding to AT5g58670. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phospholipase C1 (PLC1); FUNCTIONS IN: phospholipase C activity; INVOLVED IN: signal transduction, intracellular signaling pathway, lipid metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phospholipase C, phosphoinositol-specific, EF-hand-like (InterPro:IPR015359), Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific , X domain (InterPro:IPR000909), PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain (InterPro:IPR017946), C2 membrane targeting protein (InterPro:IPR018029), C2 calcium/lipid-binding domain, CaLB (InterPro:IPR008973), Phospholipase C, phosphoinositol-specific (InterPro:IPR001192), C2 calcium-dependent membrane targeting (InterPro:IPR000008), Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain (InterPro:IPR001711); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phospholipase C1 (TAIR:AT5G58670.1); Has 2562 Blast hits to 1935 proteins in 260 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1702; Fungi - 403; Plants - 251; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 206 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:18020708..18022898 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64947.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 564 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSESFKVCFC CSRSFKEKTR QPPVSIKRLF EAYSRNGKMS FDELLRFVSE VQGERHAGLD YVQDIFHSVK HHNVFHHHGL VHLNAFYRYL FSDTNSPLPM 101: SGQVHHDMKA PLSHYFVYTG HNSYLTGNQV NSRSSVEPIV QALRKGVKVI ELDLWPNPSG NAAEVRHGRT LTSHEDLQKC LTAIKDNAFH VSDYPVIITL 201: EDHLPPKLQA QVAKMLTKTY RGMLFRRVSE SFKHFPSPEE LKGKILISTK PPKEYLESKT VHTTRTPTVK ETSWNRVANK ILEEYKDMES EAVGYRDLIA 301: IHAANCKDPS KDCLSDDPEK PIRVSMDEQW LDTMVRTRGT DLVRFTQRNL VRIYPKGTRV DSSNYDPHVG WTHGAQMVAF NMQGHGKQLW IMQGMFRGNG 401: GCGYVKKPRI LLDEHTLFDP CKRFPIKTTL KVKIYTGEGW DLDFHHTHFD QYSPPDFFVK IGIAGVPRDT VSYRTETAVD QWFPIWGNDE FLFQLSVPEL 501: ALLWFKVQDY DNDTQNDFAG QTCLPLPELK SGVRAVRLHD RTGKAYKNTR LLVSFALDPP YTFR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)