AT4G37040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.500 plastid 0.500 ASURE: mitochondrion,plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : methionine aminopeptidase 1D | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a methionine aminopeptidase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
methionine aminopeptidase 1D (MAP1D); FUNCTIONS IN: metalloexopeptidase activity, aminopeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis, N-terminal protein amino acid modification; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M24, structural domain (InterPro:IPR000994), Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 1 (InterPro:IPR002467), Peptidase M24, methionine aminopeptidase (InterPro:IPR001714); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: methionine aminopeptidase 1B (TAIR:AT1G13270.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:17455175..17457085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38534.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 350 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGVKSLQPR LISSFLGNNS IRSTQPLIHL FRFDLGRRHV SMQLSRTFSG LTDLLFNRRN EDEVIDGKRK RLRPGNVSPR RPVPGHITKP PYVDSLQAPG 101: ISSGLEVHDK KGIECMRASG ILAARVRDYA GTLVKPGVTT DEIDEAVHNM IIENGAYPSP LGYGGFPKSV CTSVNECICH GIPDSRPLED GDIINIDVTV 201: YLNGYHGDTS ATFFCGNVDE KAKKLVEVTK ESLDKAISIC GPGVEYKKIG KVIHDLADKH KYGVVRQFVG HGVGSVFHAD PVVLHFRNNE AGRMVLNQTF 301: TIEPMLTIGS RNPIMWDDNW TVVTEDASLS AQFEHTILIT KDGAEILTKC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)