AT4G36810.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : geranylgeranyl pyrophosphate synthase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with geranylgeranyl pyrophosphate synthase activity involved in isoprenoid biosynthesis. The enzyme appears to be targeted to the chloroplast in epidermal cells and guard cells of leaves, and in etioplasts in roots. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
geranylgeranyl pyrophosphate synthase 1 (GGPS1); FUNCTIONS IN: farnesyltranstransferase activity; INVOLVED IN: isoprenoid biosynthetic process; LOCATED IN: etioplast, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Polyprenyl synthetase-related (InterPro:IPR017446), Terpenoid synthase (InterPro:IPR008949), Polyprenyl synthetase (InterPro:IPR000092); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Terpenoid synthases superfamily protein (TAIR:AT2G18620.1); Has 16617 Blast hits to 16612 proteins in 2936 species: Archae - 341; Bacteria - 9385; Metazoa - 291; Fungi - 423; Plants - 452; Viruses - 12; Other Eukaryotes - 5713 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:17343513..17344628 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40176.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 371 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASVTLGSWI VVHHHNHHHP SSILTKSRSR SCPITLTKPI SFRSKRTVSS SSSIVSSSVV TKEDNLRQSE PSSFDFMSYI ITKAELVNKA LDSAVPLREP 101: LKIHEAMRYS LLAGGKRVRP VLCIAACELV GGEESTAMPA ACAVEMIHTM SLIHDDLPCM DNDDLRRGKP TNHKVFGEDV AVLAGDALLS FAFEHLASAT 201: SSDVVSPVRV VRAVGELAKA IGTEGLVAGQ VVDISSEGLD LNDVGLEHLE FIHLHKTAAL LEASAVLGAI VGGGSDDEIE RLRKFARCIG LLFQVVDDIL 301: DVTKSSKELG KTAGKDLIAD KLTYPKIMGL EKSREFAEKL NREARDQLLG FDSDKVAPLL ALANYIAYRQ N |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)