AT4G36020.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cold shock domain protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a cold shock domain protein. Involved in cold acclimation by blocking the secondary structure of mRNA which in turn facilitates translation at cold temperature. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cold shock domain protein 1 (CSDP1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), Cold-shock conserved site (InterPro:IPR019844), Zinc finger, CCHC retroviral-type (InterPro:IPR013084), Cold shock protein (InterPro:IPR011129), Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Zinc finger, CCHC-type (InterPro:IPR001878), Cold-shock protein, DNA-binding (InterPro:IPR002059); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cold shock domain protein 3 (TAIR:AT2G17870.1); Has 93964 Blast hits to 39618 proteins in 2725 species: Archae - 55; Bacteria - 19157; Metazoa - 4501; Fungi - 1919; Plants - 2885; Viruses - 60267; Other Eukaryotes - 5180 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:17043443..17044342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30089.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 299 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASEDQSAAR STGKVNWFNA SKGYGFITPD DGSVELFVHQ SSIVSEGYRS LTVGDAVEFA ITQGSDGKTK AVNVTAPGGG SLKKENNSRG NGARRGGGGS 101: GCYNCGELGH ISKDCGIGGG GGGGERRSRG GEGCYNCGDT GHFARDCTSA GNGDQRGATK GGNDGCYTCG DVGHVARDCT QKSVGNGDQR GAVKGGNDGC 201: YTCGDVGHFA RDCTQKVAAG NVRSGGGGSG TCYSCGGVGH IARDCATKRQ PSRGCYQCGG SGHLARDCDQ RGSGGGGNDN ACYKCGKEGH FARECSSVA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)