AT4G35180.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : LYS/HIS transporter 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
LYS/HIS transporter 7 (LHT7); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Amino acid transporter, transmembrane (InterPro:IPR013057); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Transmembrane amino acid transporter family protein (TAIR:AT1G47670.1); Has 1572 Blast hits to 1571 proteins in 189 species: Archae - 0; Bacteria - 36; Metazoa - 144; Fungi - 199; Plants - 1047; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 146 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:16738517..16740385 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52297.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 478 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSIALGNLFD LESQESGGSP LFMSPAPSTD PQPISGEKNG GDGGRIPVEE WLPITESRKG NVYTATFHLL CSGIGLQVIL LPAAFAALGW VWGTIILTVG 101: FVWKLYTTWL LVQLHEAVPG IRISRYVRLA IASFGVKLGK LLGIFPVMYL SGGACTILVI TGGKSIQQLL QIMSDDNTAP LTSVQCFLVF SCIAMIMSQF 201: PNLNSLFGVS LIGAFMGIAY CTVIWILPVA SDSQRTQVSV SYATMDKSFV HIFNAIGLIA LVYRGNNLVL EIQGTLPSDS KNPSCKTMWR AVMISHALVA 301: ICMFPLTFAV YWAYGDKIPA TGGPVGNYLK LYTQEHSKRA ACFIHLTFIF SCLCSYPINL MPACDNIEMV YITKKKKPAS IIVRMMLRVF LSLVCFTIAV 401: GFPFLPYLAV LIGAIALLVT FTYPCFMWIS IKKPQRKSPM WLFNVLVGCL GASLSVLLLV ASAMRLAQKG LHANFFRP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)