AT4G34710.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.993 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : arginine decarboxylase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a arginine decarboxylase (ADC), a rate-limiting enzyme that catalyzes the first step of polyamine (PA) biosynthesis via ADC pathway in Arabidopsis thaliana. Arabidopsis genome has two ADC paralogs, ADC1 and ADC2. ADC2 is stress-inducible (osmotic stress). Double mutant analysis showed that ADC genes are essential for the production of PA, and are required for normal seed development. Overexpression causes phenotypes similar to GA-deficient plants and these plants show reduced levels of GA due to lower expression levels of AtGA20ox1, AtGA3ox3 and AtGA3ox1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
arginine decarboxylase 2 (ADC2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal (InterPro:IPR022643), Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, conserved site (InterPro:IPR022657), Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, pyridoxal-phosphate binding site (InterPro:IPR022653), Ornithine/DAP/Arg decarboxylase (InterPro:IPR000183), Arginine decarboxylase (InterPro:IPR002985), Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal (InterPro:IPR022644); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: arginine decarboxylase 1 (TAIR:AT2G16500.1); Has 7853 Blast hits to 7777 proteins in 2122 species: Archae - 112; Bacteria - 5255; Metazoa - 102; Fungi - 32; Plants - 645; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 1705 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:16560315..16562450 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 77223.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 711 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPALACVDTS FVPPAYAFSD TAGDVFIPAS SPTSAAVVVD RWSPSLSSSL YRIDGWGAPY FIANSSGNIS VRPHGSETLP HQDIDLLKIV KKVTGPKSSG 101: GLGLQLPLIV RFPDVLKNRL ECLQSAFDYA IKSQGYDSHY QGVYPVKCNQ DRFVVEDIVK FGSSFRFGLE AGSKPEILLA MSCLCKGSPD AFLVCNGFKD 201: AEYISLALLG RKLALNTVIV LEQEEELDLV IELSQKMNVR PVIGLRAKLR TKHSGHFGST SGEKGKFGLT TTQIVRVVRK LRQSGMLDCL QLLHFHIGSQ 301: IPSTSLLSDG VAEAAQLYCE LVRLGAHMKV IDIGGGLGID YDGSKSGESD LSVAYSLEEY AEAVVASVRV VCDRSSVKHP VICSESGRAI VSHHSVLIFE 401: AVSADKPMVH QATPGDIQFL LEGNEEARAN YEDLYAAVMR GDHESCLLYV DQLKQRCVEG FKEGVLSIEQ LASVDGLCEW VLKAIGASDP VHTYNINLSV 501: FTSIPDLWGI DQLFPIVPIH KLDQRPGARG ILSDLTCDSD GKINKFIGGE SSLPLHELDK NGSGGRYFLG MFLGGAYEEA LGGVHNLFGG PSVVRVSQSD 601: GPHSFAVTRA VPGQSSADVL RAMQHEPELM FQTLKHRAEE MMHTKGGSEG ENEEEEEDDE FNNVAASLDR SFHNMPYLAT EQASPSNSLS AAISNLGFYY 701: CDEDVYDYIS A |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)