AT4G34620.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FP Images |
Arabidopsis cell culture (mitochondrial marker)
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : small subunit ribosomal protein 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes ribosomal protein S16, has embryo-defective lethal mutant phenotype | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
small subunit ribosomal protein 16 (SSR16); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation, ribosome biogenesis, embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: ribosome, chloroplast, plastid, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S16 (InterPro:IPR000307); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein S16 family protein (TAIR:AT5G56940.1); Has 8683 Blast hits to 8683 proteins in 3031 species: Archae - 0; Bacteria - 5404; Metazoa - 128; Fungi - 129; Plants - 717; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2305 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:16535084..16536092 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 12699.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 113 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTVKIRLARL GCKHRPFYRV VVADEKSRRD GKQIEVLGFY DPLQGKEDAD RVSLKFDRIK YWLSVGAQPT DTVESMLFRA GLIPPKPMVV VGSKNGQKST 101: SQHVSPITGE ILN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)