AT4G34200.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FP Images |
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
onion epidermal cell layer (plastidal marker)
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : D-3-phosphoglycerate dehydrogenase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
embryo sac development arrest 9 (EDA9); FUNCTIONS IN: ATP binding; INVOLVED IN: megagametogenesis; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast, membrane; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase (InterPro:IPR006236), D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain (InterPro:IPR006139), D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding (InterPro:IPR006140), D-3-phosphogylcerate Dehydrogenase (InterPro:IPR015508), Amino acid-binding ACT (InterPro:IPR002912), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase (TAIR:AT3G19480.1); Has 30608 Blast hits to 30602 proteins in 2772 species: Archae - 489; Bacteria - 18520; Metazoa - 741; Fungi - 1175; Plants - 586; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 9092 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:16374041..16376561 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 63328.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 603 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSATAAASSS IAVATNSLRN VTLSSRSPLP SAISVAFPSR GRNTLQRRLV LVSCSTGDGS KPTILVAEKL GDAGIKLLED VANVDCSYNM TPEELNIKIS 101: LCDALIVRSG TKVGREVFES SHGRLKVVGR AGVGIDNVDL SAATEFGCLV VNAPTANTIA AAEHGIALMA AMARNVAQAD ASVKAGEWKR NKYVGVSLVG 201: KTLAVLGFGK VGTEVARRAK GLGMRVIAHD PYAPADRAHA IGVDLVSFDE ALATADFISL HMPLTPTTSK ILNDETFAKM KKGVRIVNVA RGGVIDEDAL 301: VRALDAGIVA QAALDVFTKE PPAKDSKLVQ HERVTVTPHL GASTMEAQEG VAIEIAEAVV GALNGELAAT AVNAPMVSAE VLTELKPYVV LAEKLGRLAV 401: QLVAGGSGVK NAKITYASAR ATDDLDTRLL RAMITKGIIE PISDVYVNLV NADFTAKQRG LRLSEERVLL DGSPESPLET ITVQLSNVES KFASSLSESG 501: EVKVEGKVKD GVPHLTKVGS FEVDVTLEGS IILCRQVDQP GMIGTVGSIL GESNVNVNFM SVGRIAPRKQ AIMAIGVDDI PSKETLKKIG EIPAVEEFVF 601: LKL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)