AT4G33460.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ABC transporter family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of NAP subfamily | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ATNAP13; FUNCTIONS IN: transporter activity; INVOLVED IN: embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: P-glycoprotein 12 (TAIR:AT1G02530.1); Has 407040 Blast hits to 369976 proteins in 3957 species: Archae - 7271; Bacteria - 322720; Metazoa - 9258; Fungi - 6631; Plants - 5055; Viruses - 23; Other Eukaryotes - 56082 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:16098325..16100113 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29625.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 271 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNGHCLFAAS PPRLFPLRSI SSSVSPSGSY RIKFSDNVAV ECRNLCFSVS TRQGISVPIL RDCSFRIPSG QLWMILGPNG CGKSTLLKIL AGVVNPSSGT 101: VFVEKPKNFV FQNPDHQVVM PTVEADVAFG LGKYHDMNQE EVKSRVIKAL EAVGMRDYMQ RPIQTLSGGQ KQRIAIAGAL AEACKVLLLD ELTTFLDESD 201: QMGVIKAVKD LINAKKGDVT ALWVTHRLEE LKYADGAVYM ENGRVVRHGD AATISDFIKA KQSSYIDQIG S |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)