AT4G31670.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin-specific protease 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin-specific protease 18 (UBP18); FUNCTIONS IN: cysteine-type endopeptidase activity, ubiquitin thiolesterase activity; INVOLVED IN: ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, MYND-type (InterPro:IPR002893), Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2, conserved site (InterPro:IPR018200), Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2 (InterPro:IPR001394); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin-specific protease 19 (TAIR:AT2G24640.1); Has 9064 Blast hits to 8065 proteins in 324 species: Archae - 2; Bacteria - 451; Metazoa - 4433; Fungi - 1481; Plants - 999; Viruses - 9; Other Eukaryotes - 1689 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:15336007..15339506 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 70756.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 631 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MHEVGFPLDL SVFTRLIATL FFLAVGVFYF LKNTAAKYFD IGAAAAGGFD RDFMAVDAED CSVCGNFSTK KCSRCKSVRY CSAECQRSDW SSGHQRNCRD 101: YGITTLTPSA KNGLRFRASP FGDSSASSIA LISERGQNKS SLKPREVLFP YEEFVEYFNW DNPELAPCGL MNCGNSCFAN VILQCLSWTR PLVAYLLEKG 201: HKRECMRNDW CFLCEFQTHV ERASQSRFPF SPMNIISRLT NIGGTLGYGR QEDAHEFMRY AIDMMQSVCL DEFGGEKIVP PRSQETTLIQ YIFGGLLQSQ 301: VQCTVCNHVS DQYENMMDLI VEMHGDAGSL EECLDQFTAE EWLHGDNMYK CDRCSDYVKA CKRLTIRRAP NILTIALKRY QGGRYGKLNK RISFPETLDL 401: NPYMSEGGDG SDVYKLYAVI VHLDMLNASF FGHYICYIKD FCGNWYRIDD SEIESVELED VLSQRAYMLL YSRIQARSSS SCLRSEVKDE KKTDTLDTES 501: CVKELVESSM VGAIESRSST HATIEDPVCE QSPSPSPSPS PSPSPSPSPS VLASECCSEV ERIDTLDSES NSSIDDSATD HQEDVANGNK DPEVKYQAAD 601: SWSDPTTSTP LVCTKSKPPV RDMDTKMIDA Q |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)