AT4G30800.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), Ribosomal protein S17, archaeal (InterPro:IPR019978), Ribosomal protein S17, conserved site (InterPro:IPR019979), Ribosomal protein S17 (InterPro:IPR000266); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ribosomal protein S11-beta (TAIR:AT5G23740.1); Has 1377 Blast hits to 1375 proteins in 498 species: Archae - 239; Bacteria - 304; Metazoa - 305; Fungi - 147; Plants - 148; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 234 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:15001216..15002392 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17932.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 159 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAEQTEKAFL KQPKVFLSSK KSGKGKRPGK GGNRFWKNIG LGFKTPREAI EGTYIDQKCP FTGTVSIRGR ILSGTCHSAK MQRTIIVRRD YLHFVKKYRR 101: YEKRHSNIPA HVSPCFRVKE GDRVTIGQCR PLSKTVRFNV LKVIPAGSSS IGKKAFTGM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)