AT4G29650.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.989 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein; FUNCTIONS IN: cytidine deaminase activity, catalytic activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: pyrimidine salvage, cytidine metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytidine deaminase, homodimeric (InterPro:IPR006263), Cytidine deaminase-like (InterPro:IPR016193), Cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding domain (InterPro:IPR013171); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein (TAIR:AT4G29610.1); Has 939 Blast hits to 937 proteins in 395 species: Archae - 0; Bacteria - 794; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 127; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 18 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:14528587..14529342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27227.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 251 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTQQLKFILT REEAASKGVS RPSDLVKLEE EAMILARAPI SGVQDAVLGL ASSDRIFLGV NVEFEGLPLH HSISAEQFLV ANLALNFEQE LHACLIPSRF 101: YLESFEEDVP LLLVPQNNRL AHSDPFSAAE ICSNPEHCSH LKCRALTAAN KSNAQYSKCP SGVALICEGE VYGGWCIESA AYNLSLGPVQ AALVDFMARG 201: EGKGFEMITG AVLVEMNDAK VSQEATARIL LKTIAPGCNF SVFRCHKTAE N |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)