AT4G29640.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity, cytidine deaminase activity, catalytic activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: cytidine deamination, cytidine metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 6 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytidine deaminase, homodimeric (InterPro:IPR006263), APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding (InterPro:IPR016192), CMP/dCMP deaminase, zinc-binding (InterPro:IPR002125), Cytidine deaminase-like (InterPro:IPR016193), Cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding domain (InterPro:IPR013171); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein (TAIR:AT4G29610.1); Has 1027 Blast hits to 1027 proteins in 425 species: Archae - 0; Bacteria - 850; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 127; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 50 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:14525830..14526870 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38082.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 346 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAQQYKFVFT AEQAASEGVT DHKKLPKLIR KARNLVKAPS KVGAVGRASS GRFYLGVNVE FKGLLPHFSI HAEQFLIANL ALNSEPKLTH LAVSDNGTVF 101: QDPCYDCTRF LKEINNAHQI EILIKNAHGR DGSFKSLESH MPDEFGSESI LSAEPSLLLM ERDNCLALID EDSAAGGISS NADLCSFLKL EALKAANKSY 201: APYRKCPSGV ALFCEGEVYA GWYIETVDRT ISLGPVQAAL VDFIARGEGK GFDKITGAVL VEKKDAKVGQ EDTARKLLEK IAAPNCDFKV FHCQEERKDW 301: ITGAVLVEKK DAKEGQEGKL LEKIAAPNCD FKVSHCDEEL KDWIKL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)