AT4G29610.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.847 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity, cytidine deaminase activity, zinc ion binding, catalytic activity; INVOLVED IN: cytidine deamination, cytidine metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 11 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytidine deaminase, homodimeric (InterPro:IPR006263), CMP/dCMP deaminase, zinc-binding (InterPro:IPR002125), Cytidine deaminase-like (InterPro:IPR016193), Cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding domain (InterPro:IPR013171); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein (TAIR:AT4G29600.1); Has 3306 Blast hits to 3284 proteins in 1430 species: Archae - 58; Bacteria - 2532; Metazoa - 138; Fungi - 102; Plants - 130; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 346 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:14517448..14518329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32045.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 293 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKFVYTPSEA AEEGVRGPSD LPKLIDKAMS LARAPVSTFK VGAVGLTSSG EVFLGVNVEF PNLPLHHTIH AEQFLVTNLA LNSMKKLTHI AVSVTGTIFG 101: APCGHCRQFY QEMRNAPEIE ILIKRPKDGI DEFMSLKSLM PERFGPDSIL PEDASLLLEQ RDNSLVLSDP EEICSDPEDC SHTKCRALAA ANKSYAPYSK 201: CPSGVALICG GEVYKGWYIE SVAYNPSLGP VEAALVDFVA RGGGKEFNEI TEVVLVEMKD VKVSQEATAR TFLDKIAPKC DFKVLHCYKT NKN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)