AT4G28980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.931 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : CDK-activating kinase 1AT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a CDK-activating kinase that regulates root initial cell differentiation. Phosphorylates CDKD2 and CDKD3, but not CDKD1. Controls CDK activities and basal transcription. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CDK-activating kinase 1AT (CAK1AT); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Tyrosine-protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR020635); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cyclin-dependent kinase D1;3 (TAIR:AT1G18040.1); Has 87352 Blast hits to 72841 proteins in 3452 species: Archae - 58; Bacteria - 8929; Metazoa - 34591; Fungi - 11921; Plants - 15740; Viruses - 134; Other Eukaryotes - 15979 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:14288471..14290102 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53755.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 479 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDKQPATSWS IHTRPEIIAK YEIFERVGSG AYADVYRARR LSDGLIVALK EIFDYQSAFR EIDALTILNG SPNVVVMHEY FWREEENAVL VLEFLRSDLA 101: AVIRDGKRKK KVEGGDGFSV GEIKRWMIQI LTGVDACHRN LIVHRDLKPG NMLISDDGVL KLADFGQARI LMEHDIVASD ENQQAYKLED KDGETSEPPE 201: VIPDYENSPR QGSDGQEREA MSKDEYFRQV EELKAKQVVR DDTDKDSNVH DGDISCLATC TVSEMDDDLG RNSFSYDADE AVDDTQGLMT SCVGTRWFRP 301: PELLYGSTMY GLEVDLWSLG CVFAELLSLE PLFPGISDID QISRVTNVLG NLNEEVWPGC VDLPDYKSIS FAKVESPLGI EGCLPNHSGD VISLLKKLIC 401: YDPASRATTM EMLNDKYLSE EPLPVPVSEL YVPPTMSGPD EDSPRKWNDY REMDSDSDFD GFGPMNVKPT SSGFTIEFP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)