AT4G28850.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 26 (XTH26); FUNCTIONS IN: hydrolase activity, acting on glycosyl bonds, hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds, xyloglucan:xyloglucosyl transferase activity; INVOLVED IN: carbohydrate metabolic process, cellular glucan metabolic process; LOCATED IN: endomembrane system, apoplast, cell wall; EXPRESSED IN: root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase (InterPro:IPR016455), Xyloglucan endo-transglycosylase, C-terminal (InterPro:IPR010713), Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup (InterPro:IPR013320), Concanavalin A-like lectin/glucanase (InterPro:IPR008985), Glycoside hydrolase, family 16 (InterPro:IPR000757), Glycoside hydrolase, family 16, active site (InterPro:IPR008263); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 16 (TAIR:AT3G23730.1); Has 2230 Blast hits to 2210 proteins in 325 species: Archae - 0; Bacteria - 312; Metazoa - 0; Fungi - 457; Plants - 1370; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 91 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:14244336..14245781 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32925.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 292 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGLQAKTLM FVLAAALATL GRTFVEADFS KNFIVTWGKD HMFMNGTNLR LVLDKSAGSA IKSKVAHLFG SVEMLIKLVP GNSAGTVAAY YLSSTGSTHD 101: EIDFEFLGNA TGQPYTIHTN LYAQGKGNRE QQFRPWFNPT NGFHNYTIHW NPSEVVWFVD GTPIRVFRNY ESEGIAYPNK QGMKVFASLW NAEDWATQGG 201: RVKTNWTLAP FVAEGRRYKA RACLWKGSVS IKQCVDPTIR SNWWTSPSFS QLTASQLTKM QKIRDGFMIY DYCKDTNRFK GVMPPECSKK QF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)