AT4G28700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ammonium transporter 1;4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ammonium transporter 1;4 (AMT1;4); FUNCTIONS IN: ammonium transmembrane transporter activity, high affinity secondary active ammonium transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: plasma membrane, membrane; EXPRESSED IN: leaf whorl, sepal, male gametophyte, flower; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ammonium transporter (InterPro:IPR001905), Ammonium transporter, conserved site (InterPro:IPR018047); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ammonium transporter 1;1 (TAIR:AT4G13510.1); Has 11355 Blast hits to 11337 proteins in 2068 species: Archae - 224; Bacteria - 4683; Metazoa - 331; Fungi - 433; Plants - 496; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5188 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:14161681..14163195 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53660.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 504 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASALSCSAS DLIPLLSGGA NATAAAAAAE YICGRFDTVA GKFTDAAYAI DNTYLLFSAY LVFAMQLGFA MLCAGSVRAK NTMNIMLTNV IDAAAGGLFY 101: YLFGFAFAFG SPSNGFIGKH FFGMYDFPQP TFDYPYFLYQ WTFAIAAAGI TSGSIAERTQ FVAYLIYSSF LTGLVYPIVS HWFWSSDGWA SPARSENLLF 201: QSGVIDFAGS GVVHMVGGIA GLWGALIEGP RIGRFGVGGK PVTLRGHSAT LVVLGTFLLW FGWYGFNPGS FATIFKAYGE TPGSSFYGQW SAVGRTAVTT 301: TLAGCTAALT TLFGKRLIDG YWNVTDVCNG LLGGFAAITS GCSVVEPWAA LVCGFVAAWV LMGCNRLAEK LQFDDPLEAA QLHGGCGAWG IIFTGLFAEK 401: RYIAEIFGGD PNRPFGLLMG GGGRLLAAHV VQILVITGWV SVTMGTLFFI LHKLKLLRIP AEDEIAGVDP TSHGGLAYMY TEDEIRNGIM VRRVGGDNDP 501: NVGV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)