AT4G27800.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : thylakoid-associated phosphatase 38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Choroplast protein phosphatase TAP38/PPH1 is required for efficient dephosphorylation of the LHCII anthena and state transition from state 2 to state 1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
thylakoid-associated phosphatase 38 (TAP38); FUNCTIONS IN: phosphatase activity, protein serine/threonine phosphatase activity; INVOLVED IN: photosynthetic electron transport chain, photosystem stoichiometry adjustment, dephosphorylation; LOCATED IN: in 7 components; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein phosphatase 2C, manganese/magnesium aspartate binding site (InterPro:IPR000222), Protein phosphatase 2C-related (InterPro:IPR001932), Protein phosphatase 2C (InterPro:IPR015655), Protein phosphatase 2C, N-terminal (InterPro:IPR014045); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein phosphatase 2C family protein (TAIR:AT4G31860.1); Has 5988 Blast hits to 5975 proteins in 460 species: Archae - 6; Bacteria - 321; Metazoa - 1365; Fungi - 680; Plants - 2480; Viruses - 9; Other Eukaryotes - 1127 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:13852013..13854091 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42721.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 388 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALLRPHLHR FHSNTLRHSA YPSADAGGGL VVYPTYGRHR CSAIAIDAPS SLTGVTPIRW GYTSVQGFRD EMEDDIVIRS DAVDSFSYAA VFDGHAGSSS 101: VKFLREELYK ECVGALQAGS LLNGGDFAAI KEALIKAFES VDRNLLKWLE ANGDEEDESG STATVMIIRN DVSFIAHIGD SCAVLSRSGQ IEELTDYHRP 201: YGSSRAAIQE VKRVKEAGGW IVNGRICGDI AVSRAFGDIR FKTKKNDMLK KGVDEGRWSE KFVSRIEFKG DMVVATPDIF QVPLTSDVEF IILASDGLWD 301: YMKSSDVVSY VRDQLRKHGN VQLACESLAQ VALDRRSQDN ISIIIADLGR TEWKNLPAQR QNVVVELVQA ATTIGLVTVG IWMSSHLS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)