AT4G27780.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.732 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : acyl-CoA binding protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes acyl-CoA-binding protein with ankyrin repeats | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
acyl-CoA binding protein 2 (ACBP2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ankyrin repeat-containing domain (InterPro:IPR020683), Acyl-CoA-binding protein, ACBP (InterPro:IPR000582), FERM/acyl-CoA-binding protein, 3-helical bundle (InterPro:IPR014352), Ankyrin repeat (InterPro:IPR002110); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: acyl-CoA binding protein 1 (TAIR:AT5G53470.1); Has 90208 Blast hits to 29988 proteins in 1366 species: Archae - 152; Bacteria - 8068; Metazoa - 46498; Fungi - 7104; Plants - 3511; Viruses - 860; Other Eukaryotes - 24015 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:13847774..13849629 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38481.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 354 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGDWAQLAQS VILGLIFSYL LAKLISIVVT FKEDNLSLTR HPEESQLEIK PEGVDSRRLD SSCGGFGGEA DSLVAEQGSS RSDSVAGDDS EEDDDWEGVE 101: STELDEAFSA ATLFVTTAAA DRLSQKVPSD VQQQLYGLYK IATEGPCTAP QPSALKMTAR AKWQAWQKLG AMPPEEAMEK YIEIVTQLYP TWLDGGVKAG 201: SRGGDDAASN SRGTMGPVFS SLVYDEESEN ELKIDAIHGF AREGEVENLL KSIESGIPVN ARDSEGRTPL HWAIDRGHLN IAKVLVDKNA DVNAKDNEGQ 301: TPLHYAVVCD REAIAEFLVK QNANTAAKDE DGNSPLDLCE SDWPWIRDSA KQAD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)