AT4G27650.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.655 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Eukaryotic release factor 1 (eRF1) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes Arabidopsis homolog of Drosophila pelota protein. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
PELOTA (PEL1); FUNCTIONS IN: translation release factor activity; INVOLVED IN: meiosis, translational termination, translation; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: eRF1 domain 2 (InterPro:IPR005141), eRF1 domain 3 (InterPro:IPR005142), eRF1 domain 1 (InterPro:IPR005140), Probable translation factor pelota (InterPro:IPR004405); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Eukaryotic release factor 1 (eRF1) family protein (TAIR:AT3G58390.1); Has 776 Blast hits to 774 proteins in 323 species: Archae - 255; Bacteria - 0; Metazoa - 140; Fungi - 159; Plants - 51; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 170 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:13803459..13807556 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42521.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 378 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKIVRRDFVR NGPGSVKMVA EDSDDLWYAY NLIAVGDSVM AVTFRKVQRE IPGGGRDSER VKLKLEVQVE EVDYDKDGSV LRIRGKNILE NEHVKIGAFH 101: TLELELKRPF VLRKEMWDSM ALDTLKQASD PAASADLAVV LMQEGLAQIF LVGRSVTSSR ARIETSIPRK HGPAIAGYES ALKKFFENVL QAFVKHVDFS 201: VVRCAVVASP GFTKDQFHRH LLLEAERRQL RPIIENKSRI ILVHTNSGYR HSLGEVLHAP NVMNMIKDTK AAKEVKALND FHNMLSTEPD RACYGPKHVE 301: VANERMAIQT LLITDELFRN SDVKTRKKYV NLVESVKDSG GDAFIFSAMH VSGEQLAQLT GIAALLRFPL PELEDIEM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)