AT4G27290.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : S-locus lectin protein kinase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
S-locus lectin protein kinase family protein; FUNCTIONS IN: sugar binding, protein serine/threonine kinase activity, protein kinase activity, ATP binding; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation, recognition of pollen; LOCATED IN: endomembrane system; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Curculin-like (mannose-binding) lectin (InterPro:IPR001480), Apple-like (InterPro:IPR003609), PAN-2 domain (InterPro:IPR013227), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), EGF-like, type 3 (InterPro:IPR000742), Serine-threonine/tyrosine-protein kinase (InterPro:IPR001245), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), S-locus glycoprotein (InterPro:IPR000858), Tyrosine-protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR020635); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: receptor kinase 3 (TAIR:AT4G21380.1); Has 125077 Blast hits to 123040 proteins in 4681 species: Archae - 101; Bacteria - 14188; Metazoa - 45583; Fungi - 10059; Plants - 36201; Viruses - 449; Other Eukaryotes - 18496 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:13666281..13669202 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 88927.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 783 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEATNVLHLL IISLFSTILL AQATDILIAN QTLKDGDTIV SQGGSFEVGF FSPGGSRNRY LGIWYKKISL QTVVWVANRD SPLYDLSGTL KVSENGSLCL 101: FNDRNHIIWS SSSSPSSQKA SLRNPIVQIL DTGNLVVRNS GDDQDYIWQS LDYPGDMFLP GMKYGLNFVT GLNRFLTSWR AIDDPSTGNY TNKMDPNGVP 201: QFFLKKNSVV VFRTGPWNGL RFTGMPNLKP NPIYRYEYVF TEEEVYYTYK LENPSVLTRM QLNPNGALQR YTWVDNLQSW NFYLSAMMDS CDQYTLCGSY 301: GSCNINESPA CRCLKGFVAK TPQAWVAGDW SEGCVRRVKL DCGKGEDGFL KISKLKLPDT RTSWYDKNMD LNECKKVCLR NCTCSAYSPF DIRDGGKGCI 401: LWFGDLIDIR EYNENGQDLY VRLASSEIET LQRESSRVSS RKQEEEDLEL PFLDLDTVSE ATSGFSAGNK LGQGGFGPVY KGTLACGQEV AVKRLSRTSR 501: QGVEEFKNEI KLIAKLQHRN LVKILGYCVD EEERMLIYEY QPNKSLDSFI FDKERRRELD WPKRVEIIKG IARGMLYLHE DSRLRIIHRD LKASNVLLDS 601: DMNAKISDFG LARTLGGDET EANTTRVVGT YGYMSPEYQI DGYFSLKSDV FSFGVLVLEI VSGRRNRGFR NEEHKLNLLG HAWRQFLEDK AYEIIDEAVN 701: ESCTDISEVL RVIHIGLLCV QQDPKDRPNM SVVVLMLSSE MLLLDPRQPG FFNERNLLFS DTVSINLEIP SNNFQTMSVI DPR |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)