AT4G27030.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : fatty acid desaturase A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an unusual palmitate desaturase that is highly substrate specific. It introduces a delta-3 trans double bond at palmitate at the sn-2 position of phosphatidylglycerol. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
fatty acid desaturase A (FADA); FUNCTIONS IN: Delta 3-trans hexadecenoic acid phosphatidylglycerol desaturase activity; INVOLVED IN: response to karrikin, phosphatidylglycerol metabolic process, unsaturated fatty acid biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Kua-ubiquitin conjugating enzyme hybrid, localisation (InterPro:IPR019547); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Kua-ubiquitin conjugating enzyme hybrid localisation domain (TAIR:AT1G62190.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:13571951..13572922 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36381.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 323 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAVSLPTKYP LRPITNIPKS HRPSLLRVRV TCSVTTTKPQ PNREKLLVEQ RTVNLPLSND QSLQSTKPRP NREKLVVEQR LASPPLSNDP TLKSTWTHRL 101: WVAAGCTTLF VSLAKSVIGG FDSHLCLEPA LAGYAGYILA DLGSGVYHWA IDNYGDESTP VVGTQIEAFQ GHHKWPWTIT RRQFANNLHA LAQVITFTVL 201: PLDLAFNDPV FHGFVCTFAF CILFSQQFHA WAHGTKSKLP PLVVALQDMG LLVSRRQHAE HHRAPYNNNY CIVSGAWNNV LDESKVFEAL EMVFYFQLGV 301: RPRSWSEPNS DWIEETEISN NQA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)