AT4G26300.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Arginyl-tRNA synthetase, class Ic | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
embryo defective 1027 (emb1027); FUNCTIONS IN: nucleotide binding, aminoacyl-tRNA ligase activity, arginine-tRNA ligase activity, ATP binding; INVOLVED IN: arginyl-tRNA aminoacylation, embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site (InterPro:IPR001412), DALR anticodon binding (InterPro:IPR008909), Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold (InterPro:IPR014729), Arginyl-tRNA synthetase, class Ic, core (InterPro:IPR015945), Arginyl tRNA synthetase, class Ic, N-terminal (InterPro:IPR005148), Aminoacyl-tRNA synthetase, class 1a, anticodon-binding (InterPro:IPR009080), Arginyl-tRNA synthetase, class Ic (InterPro:IPR001278); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Arginyl-tRNA synthetase, class Ic (TAIR:AT1G66530.1); Has 9418 Blast hits to 9310 proteins in 2828 species: Archae - 263; Bacteria - 5535; Metazoa - 273; Fungi - 189; Plants - 85; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 3070 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:13308400..13313109 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 72390.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 642 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFIFPKDENR RETLTTKLRF SADHLTFTTV TEKLRATAWR FAFSSRAKSV VAMAANEEFT GNLKRQLAKL FDVSLKLTVP DEPSVEPLVA ASALGKFGDY 101: QCNNAMGLWS IIKGKGTQFK GPPAVGQALV KSLPTSEMVE SCSVAGPGFI NVVLSAKWMA KSIENMLIDG VDTWAPTLSV KRAVVDFSSP NIAKEMHVGH 201: LRSTIIGDTL ARMLEYSHVE VLRRNHVGDW GTQFGMLIEY LFEKFPDTDS VTETAIGDLQ VFYKASKHKF DLDEAFKEKA QQAVVRLQGG DPVYRKAWAK 301: ICDISRTEFA KVYQRLRVEL EEKGESFYNP HIAKVIEELN SKGLVEESEG ARVIFLEGFD IPLMVVKSDG GFNYASTDLT ALWYRLNEEK AEWIIYVTDV 401: GQQQHFNMFF KAARKAGWLP DNDKTYPRVN HVGFGLVLGE DGKRFRTRAT DVVRLVDLLD EAKTRSKLAL IERGKDKEWT PEELDQTAEA VGYGAVKYAD 501: LKNNRLTNYT FSFDQMLNDK GNTAVYLLYA HARICSIIRK SGKDIDELKK TGKLALDHAD ERALGLHLLR FAETVEEACT NLLPSVLCEY LYNLSEHFTR 601: FYSNCQVNGS PEETSRLLLC EATAIVMRKC FHLLGITPVY KI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)