AT4G26120.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.985 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ankyrin repeat family protein / BTB/POZ domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ankyrin repeat family protein / BTB/POZ domain-containing protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: BTB/POZ (InterPro:IPR013069), NPR1/NIM1 like, C-terminal (InterPro:IPR021094), BTB/POZ fold (InterPro:IPR011333), Ankyrin repeat-containing domain (InterPro:IPR020683), BTB/POZ-like (InterPro:IPR000210), Ankyrin repeat (InterPro:IPR002110); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: regulatory protein (NPR1) (TAIR:AT1G64280.1); Has 2068 Blast hits to 1653 proteins in 155 species: Archae - 0; Bacteria - 76; Metazoa - 627; Fungi - 31; Plants - 645; Viruses - 9; Other Eukaryotes - 680 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:13236448..13238487 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 68010.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 600 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATTTTTTTA RFSDSYEFSN TSGNSFFAAE SSLDYPTEFL TPPEVSALKL LSNCLESVFD SPETFYSDAK LVLAGGREVS FHRCILSARI PVFKSALATV 101: KEQKSSTTVK LQLKEIARDY EVGFDSVVAV LAYVYSGRVR SPPKGASACV DDDCCHVACR SKVDFMVEVL YLSFVFQIQE LVTLYERQFL EIVDKVVVED 201: ILVIFKLDTL CGTTYKKLLD RCIEIIVKSD IELVSLEKSL PQHIFKQIID IREALCLEPP KLERHVKNIY KALDSDDVEL VKMLLLEGHT NLDEAYALHF 301: AIAHCAVKTA YDLLELELAD VNLRNPRGYT VLHVAAMRKE PKLIISLLMK GANILDTTLD GRTALVIVKR LTKADDYKTS TEDGTPSLKG GLCIEVLEHE 401: QKLEYLSPIE ASLSLPVTPE ELRMRLLYYE NRVALARLLF PVETETVQGI AKLEETCEFT ASSLEPDHHI GEKRTSLDLN MAPFQIHEKH LSRLRALCKT 501: VELGKRYFKR CSLDHFMDTE DLNHLASVEE DTPEKRLQKK QRYMELQETL MKTFSEDKEE CGKSSTPKPT SAVRSNRKLS HRRLKVDKRD FLKRPYGNGD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)