AT4G25970.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 ASURE: endoplasmic reticulum What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phosphatidylserine decarboxylase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes the major form of the two non-mitochondrail phosphatidylserine decarboxylase. Located at the ER. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phosphatidylserine decarboxylase 3 (PSD3); FUNCTIONS IN: phosphatidylserine decarboxylase activity; INVOLVED IN: N-terminal protein myristoylation, phospholipid biosynthetic process; LOCATED IN: endoplasmic reticulum; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EF-Hand 1, calcium-binding site (InterPro:IPR018247), C2 calcium/lipid-binding domain, CaLB (InterPro:IPR008973), EF-hand-like domain (InterPro:IPR011992), Calcium-binding EF-hand (InterPro:IPR002048), Phosphatidylserine decarboxylase-related (InterPro:IPR003817), EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), Phosphatidylserine decarboxylase (InterPro:IPR005221); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phosphatidylserine decarboxylase 2 (TAIR:AT5G57190.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:13184240..13189139 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 70356.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 635 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGNGNSTETK ESRRSKMRKK IQNFRSRRRL SRPGSGSVSG LASQRSVSAD DFAGIALLTL IGAEMKFKDK WLACVSFGEQ TFRSEISDST EKPIWNSEKK 101: LLLEKNGPSL ARISVFETNR LLKNNIVGYC ELDLLDFVVQ EPDSTCKSFD LLDPASSNVV GSMFVSCSVE DPVETETCFA KRILSIVDYD EDGKLSFSEF 201: SDLMNAFGNV VAANKKEELF KAADLNGDGV VTIDELAALL AVQQEQEPII NSCPVCGEAL QLDKLNAMIH MTLCFDEGTG NQMTGGFLTD RQASYGWMFK 301: LSEWTHLSTY DVGLNTGSSA SHIVVIDRKT KRLVEELIDS KIVMSMRAIY QSKIGLRLMD QGAKEILQNL SEKQGKKMNS VESAQNIPSF LEFFKDQINM 401: AEVKYPLDHF KTFNEFFVRE LKPGARPIAC MDQDDVAVSA ADCRLMAFQS VDDSTRFWIK GRKFSIKGLL GNDVQSDAFL DGSLVIFRLA PQDYHRFHSP 501: VSGVIEKFVN VSGSLYTVNP IAVNSKYCNV FTENKRTIVI ISTAEFGKVA FVAIGATMVG SISFVRQEGD HVKKGDELGY FSFGGSTVIC VFEKDSIKID 601: EDLLANSARS LETLVTVGMQ LGVSFPKLEN CVLEP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)