AT4G25450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : non-intrinsic ABC protein 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of NAP subfamily | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
non-intrinsic ABC protein 8 (NAP8); FUNCTIONS IN: ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances, transporter activity; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: chloroplast, membrane, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC transporter, transmembrane domain, type 1 (InterPro:IPR011527), ABC transporter integral membrane type 1 (InterPro:IPR017940), ABC transporter, transmembrane domain (InterPro:IPR001140), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: transporter associated with antigen processing protein 2 (TAIR:AT5G39040.1); Has 416986 Blast hits to 378266 proteins in 4104 species: Archae - 7380; Bacteria - 322963; Metazoa - 9904; Fungi - 7465; Plants - 5560; Viruses - 14; Other Eukaryotes - 63700 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:13009845..13013912 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 77930.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 714 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASATTLLFH HGSTRVLVAR RRCQASVLRP YGGLKPFLSF CSLPNSTAPF RDSLRAKSDG LARAYVTGAP PIVEEPDPKI EESKSEAESK DLISWGLLWS 101: LMSKHKLRLS VCLLTLLGCS TCTLSMPVFS GRFFEVLIGV RPEPLWRLLS KIAVLYSLEP IFTIAFVTNM TAIWENVMAI LRAQIFRRVL IQKAEFFDKY 201: KVGELTGLLT SDLGALNSIV NDNISRDRGF RAFTEVFGTI CILFTLSPQL APVLGLLMLA VSVLVAVYKR STVPVYKSHG LAQATMSDCV SETFSAIRTV 301: RSFSGEKRQM SIFGSQILAY KLSGLKLGTF KSINESITRV AVYISLLALY CLGGSKVKTG ELAVGTVVSF IGYTFTLTFA VQGLVNTFGD LRGTFAAIDR 401: INSILNAVDI DEALAYGLER DIHTKKVQDE NLKLFLSAGP NVNIRHLDKY YMSNLKSTNN LRTLTWAGDV CLDDVHFAYP LRPDVKVLDG LSLTLNSGTV 501: TALVGSSGAG KSTIVQLLAR FYEPTQGRIT VGGEDVRMFD KSEWAKVVSI VNQEPVLFSL SVAENIAYGL PNEHVSKDDI IKAAKAANAH DFIISLPQGY 601: DTLVGERGGL LSGGQRQRVA IARSLLKNAP ILILDEATSA LDAVSERLVQ SALNRLMKDR TTLVIAHRLS TVQSANQIAV CSDGKIIELG THSELVAQKG 701: SYASLVGTQR LAFE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)