AT4G25434.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.900 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : nudix hydrolase homolog 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
nudix hydrolase homolog 10 (NUDT10); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NUDIX hydrolase domain-like (InterPro:IPR015797), NUDIX hydrolase (InterPro:IPR020476), NUDIX hydrolase, conserved site (InterPro:IPR020084), Nudix hydrolase 6-like (InterPro:IPR003293), NUDIX hydrolase domain (InterPro:IPR000086); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nudix hydrolase homolog 2 (TAIR:AT5G47650.1); Has 1857 Blast hits to 1857 proteins in 579 species: Archae - 36; Bacteria - 1096; Metazoa - 164; Fungi - 9; Plants - 175; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 377 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:13004043..13005771 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31817.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 277 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSDQEAPLRN GVEHKIFEVL PFVDDDYGGV IVEMKTPMDT KNFVAALRDS FEQWRLQGKK GVWLNLPLSH VNLVEPAVKE GFRYHHAEPT YLMLVYWIPE 101: AESTIPLNAS HRVRVGAVVL NHNKEEKYGS LCGSGIWKIP TGVVDEGEEI FAAAIREVKE ETGIDTEFLE ILAFCQTHES FFAKSDLFFV CLLRPTSFDI 201: QKQDLEIEAA QWMRFEDSAS QPITHKNDLF KDIHHICSMK MEKSYSGFSK KPITTFFDDK LGYLYLNKQE DMEQPIS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)