AT4G25230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.745 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RPM1 interacting protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
RPM1 interacting protein 2, has a CUE domain which is sufficient for the interaction with RPM1.Positive regulator of RPM1 and PRS2 mediated hypersensitive response.Functions as ubiquitin ligase and binds to RPM1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RPM1 interacting protein 2 (RIN2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957), Ubiquitin system component Cue (InterPro:IPR003892); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RPM1 interacting protein 3 (TAIR:AT5G51450.1); Has 2005 Blast hits to 1973 proteins in 236 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 699; Fungi - 246; Plants - 674; Viruses - 9; Other Eukaryotes - 375 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:12924446..12928671 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64567.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 578 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGIKYLPVSV ASTALSFVGL QVWTELSLDR LRADGLIAKN ISLGDSEHAL ELLLGSYFTI ALLTNFVLNV YILLVLSLKT LFFGDLYDVE TKKLVERLAN 101: YIIYKGTFLP LVIPPTIFQG VLWTVWLTVL CTLKMFQALA RDRLERLNAS PSSTPWTYFR VYSVLFLVLS VDMFWIKLSL MTYNTIGSAV YLLLLFEPCS 201: IAFETLQALL IHGFQLLDMW INHLAVKNSD CQRSKFIDSM TAGSLLEWKG LLNRNLGFFL DMATLVMALG HYLHIWWLHG IAFHLVDAVL FLNIRALLSA 301: ILKRIKGYIK LRIALGALHA ALPDATSEEL RAYDDECAIC REPMAKAKRL HCNHLFHLGC LRSWLDQGLN EVYSCPTCRK PLFVGRTENE VNPRTVEVSS 401: DEQLARQLER QNNPVHALAT GLFPAEVPDS VENDTSRNLG LDPSWLQTWS SQGSDVAGPS TTSRTVGLGR VQMMMRHLAS VGESYAQTAL DDAAWSLWPM 501: NPSQASTSST TVPPGNGGRT GGLHLRTVSN TTNESLTNIL AMAETVREVM PHVPDEIIFQ DLQRTNSVAV TVNNLLQM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)