AT4G25050.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : acyl carrier protein 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes an acyl carrier protein predominantly expressed in leaves. Gene expression is upregulated by light. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
acyl carrier protein 4 (ACP4); FUNCTIONS IN: acyl carrier activity; INVOLVED IN: response to light stimulus, fatty acid biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phosphopantetheine-binding (InterPro:IPR006163), Acyl carrier protein (ACP) (InterPro:IPR003231), Acyl carrier protein-like (InterPro:IPR009081), Phosphopantetheine attachment site (InterPro:IPR006162); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: acyl carrier protein 1 (TAIR:AT3G05020.1); Has 6964 Blast hits to 6964 proteins in 2327 species: Archae - 0; Bacteria - 4641; Metazoa - 140; Fungi - 123; Plants - 344; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 1714 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:12870178..12871024 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 14545.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 137 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASLSTTSLS FKAPSTTISQ VLRKASSSQS VTFGRFTSST KSLRLQISCA AKAETVQKVS DIVKEQLALA ADVPLTAESK FSALGADSLD TVEIVMALEE 101: KFNISVEESD AQNITTIQEA ADLIEDLVQK KPAAETS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)