AT4G24960.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.981 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : HVA22 homologue D | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Homologous to a eukaryote specific ABA- and stress-inducible gene first isolated from barley. Groups in one subfamily with ATHVA22E. Along with other members of the ATHVA22 family, it may be involved in regulation of autophagy during development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
HVA22 homologue D (HVA22D); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: TB2/DP1/HVA22 related protein (InterPro:IPR004345); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: HVA22 homologue E (TAIR:AT5G50720.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:12828060..12828982 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 15754.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 135 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDKFWTFLTA LHSGAGPIVM LLYPLYASVI AMESTTKVDD EQWLAYWIIY SFLSLTELIL QSLIEWIPIW YTVKLVFVAW LVLPQFQGAA FIYNRVVREQ 101: FKKHGVLRST HSKPTKPNIL HSIFPHREGH EAHSH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)