AT4G24650.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : isopentenyltransferase 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
AB061402 Arabidopsis thaliana AtIPT4 mRNA for cytokinin synthase, complete cds | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
isopentenyltransferase 4 (IPT4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: tRNA isopentenyltransferase (InterPro:IPR002627); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: isopentenyltransferase 1 (TAIR:AT1G68460.1); Has 7797 Blast hits to 7659 proteins in 2559 species: Archae - 0; Bacteria - 5257; Metazoa - 173; Fungi - 163; Plants - 285; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1919 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:12720466..12721422 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36676.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 318 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKCNDKMVVI MGATGSGKSS LSVDLALHFK AEIINSDKMQ FYDGLKITTN QSTIEDRRGV PHHLLGELNP EAGEVTAAEF RVMAAEAISE ITQRKKLPIL 101: AGGSNSYIHA LLAKSYDPEN YPFSDHKGSI CSELKYDCCF IWIDVDQSVL FEYLSLRLDL MMKSGMFEEI AEFHRSKKAP KEPLGIWKAI GVQEFDDYLK 201: MYKWDNDMDK WDPMRKEAYE KAVRAIKENT FQLTKDQITK INKLRNAGWD IKKVDATASF REAIRAAKEG EGVAEMQRKI WNKEVLEPCV KIVRSHLDQP 301: INYYYYYFYL LKRFLSLN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)