AT4G24620.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phosphoglucose isomerase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
The PGI1 gene encodes the plastid phospho-glucose (Glc) isomerase. While pgi1-1 mutant has a deficiency in leaf starch synthesis, it accumulates starch in root cap cells. Flowering time of the pgi1-1 mutant is significantly delayed under short-day conditions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phosphoglucose isomerase 1 (PGI1); FUNCTIONS IN: glucose-6-phosphate isomerase activity; INVOLVED IN: positive regulation of flower development, starch metabolic process; LOCATED IN: cytosol, chloroplast stroma, chloroplast, plastid, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phosphoglucose isomerase, conserved site (InterPro:IPR018189), Phosphoglucose isomerase (PGI) (InterPro:IPR001672); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Sugar isomerase (SIS) family protein (TAIR:AT5G42740.1); Has 10859 Blast hits to 10857 proteins in 3395 species: Archae - 60; Bacteria - 6690; Metazoa - 541; Fungi - 161; Plants - 999; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2408 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:12708972..12712610 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 67052.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 613 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASLSGLYSS SPSLKPAKNH SFKALPAQSR DSFSFPHTSK PTNLPLTLSS ARSVARDISH ADSKKELLKD PDALWKRYLD WFYQQKELGL YLDISRVGFT 101: DEFVAEMEPR FQAAFKAMED LEKGSIANPD EGRMVGHYWL RNSKLAPKPT LKTLIENTLD SICAFSDDII SGKIKPPSSP EGRFTQILSV GIGGSALGPQ 201: FVAEALAPDN PPLKIRFIDN TDPAGIDHQI AQLGPELAST LVVVISKSGG TPETRNGLLE VQKAFREAGL NFAKQGVAIT QENSLLDNTA RIEGWLARFP 301: MYDWVGGRTS IMSAVGLLPA ALQGINVREM LTGAALMDEA TRTTSIKNNP AALLAMCWYW ASNGVGSKDM VVLPYKDSLL LFSRYLQQLV MESLGKEFDL 401: DGNTVNQGLT VYGNKGSTDQ HAYIQQLRDG VHNFFATFIE VLRDRPPGHD WELEPGVTCG DYLFGMLQGT RSALYANGRE SISVTIQEVT PTSVGAIIAL 501: YERAVGLYAS IVNINAYHQP GVEAGKKAAA EVLALQKRVL SVLNEATCKD PVEPLTLEEI ADRCHAPEEI EMIYKIIAHM SANDRVLIAE GNCGSPRSIK 601: VYLGECNVDD LYA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)