AT4G24540.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AGAMOUS-like 24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a MADS-box protein involved in flowering. Regulates the expression of SOC1 and is also upregulated by SOC1. Binds with IMK3 kinase domain. Phosphorylated by IMK3; likely to be a target for IMK3 kinase domain. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
AGAMOUS-like 24 (AGL24); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding, protein homodimerization activity, protein heterodimerization activity, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: floral whorl development, maintenance of floral meristem identity, maintenance of inflorescence meristem identity, floral meristem determinacy, regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 11 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor, MADS-box (InterPro:IPR002100), Transcription factor, K-box (InterPro:IPR002487); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: K-box region and MADS-box transcription factor family protein (TAIR:AT2G22540.1); Has 7220 Blast hits to 7219 proteins in 914 species: Archae - 3; Bacteria - 10; Metazoa - 648; Fungi - 309; Plants - 6171; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 79 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:12671160..12673645 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25065.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 220 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAREKIRIKK IDNITARQVT FSKRRRGIFK KADELSVLCD ADVALIIFSA TGKLFEFSSS RMRDILGRYS LHASNINKLM DPPSTHLRLE NCNLSRLSKE 101: VEDKTKQLRK LRGEDLDGLN LEELQRLEKL LESGLSRVSE KKGECVMSQI FSLEKRGSEL VDENKRLRDK LETLERAKLT TLKEALETES VTTNVSSYDS 201: GTPLEDDSDT SLKLGLPSWE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)