AT4G24490.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.960 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : RAB geranylgeranyl transferase alpha subunit 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RAB geranylgeranyl transferase alpha subunit 1 (RGTA1); FUNCTIONS IN: protein prenyltransferase activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein prenyltransferase (InterPro:IPR008940), Protein prenyltransferase, alpha subunit (InterPro:IPR002088); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RAB geranylgeranyl transferase alpha subunit 2 (TAIR:AT5G41820.1); Has 3834 Blast hits to 3112 proteins in 396 species: Archae - 22; Bacteria - 493; Metazoa - 1923; Fungi - 431; Plants - 375; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 588 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:12655330..12658103 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 76912.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 678 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MHGRPRNASK PEEEAASAAK AVQLRSLQSQ FMTNHHDKIY TNEAIELSTK LLEINPEAYT AWNYRKLAVE DRLARIEPDP NLVSAILDEE LRVVESALRQ 101: NFKSYGAWHH RKWVLSKGHS SVGNELRLLE KFQKLDSRNF HAWNYRRFVV ELTNRSEQDE LQYTDDMINN NFSNYSAWHN RSVLLSSLLA QNADGFMPNI 201: KIPEEYDFVH SAIFTEPDDQ SGWFYHLWLL DQTLNVETPL LTSSWPSHGS SIILSGAGCL SGSSSMFTTF CSESGSFPLI LYFDQAVGGV SSSTVTIDSE 301: LKGNEGLVWE PIPNKNSQVS CVWVARLKYV SSDPCEYKVK IRVGNSPGIV SSRGYNFNAP YEFVFTAHVH DTVEDSQEGI VSWTDGFDIW DAKSKDLNSL 401: VTLDRLNAEM DFKWRQEAID SEVECFGILP DSKIGKLTLA RLLMAREAMV SDDAVKGVHY EEILQLYNDL MALDSSHYQY YKDEHSKAFL HKVTSSSESL 501: SRHLLRYRDM NNLVCLRLNN LSLSRIASVE KLLFVQMLDL SHNELHSTEG LEAMQLLSCL NLSHNRIRSF SALDSLRHVK QLKVLDVSHN HIGKHSVDTT 601: RYLCSSPLSN SELGQDDVGK QNPGLVTKYW DAYCVLTDLN LKQLDIAGNE IAGEEFSSFV LQVVPKLVWL DGQKKLGN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)