AT4G24210.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.904 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : F-box family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
F-box protein that is involved in GA signaling. Regulates seed germination. Component of E3 ubiquitin complex. Interacts with DELLA proteins. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SLEEPY1 (SLY1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: F-box family protein (TAIR:AT5G48170.1); Has 122 Blast hits to 122 proteins in 25 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 2; Fungi - 9; Plants - 109; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:12563658..12564113 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17456.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 151 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKRSTTDSDL AGDAHNETNK KMKSTEEEEI GFSNLDENLV YEVLKHVDAK TLAMSSCVSK IWHKTAQDER LWELICTRHW TNIGCGQNQL RSVVLALGGF 101: RRLHSLYLWP LSKPNPRARF GKDELKLTLS LLSIRYYEKM SFTKRPLPES K |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)