AT4G24120.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.551 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : YELLOW STRIPE like 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Member of a small family of oligopeptide transporters similar to the yellow stripe locus of maize (ZmYS1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
YELLOW STRIPE like 1 (YSL1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Oligopeptide transporter OPT superfamily (InterPro:IPR004813); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: YELLOW STRIPE like 3 (TAIR:AT5G53550.2); Has 1803 Blast hits to 1757 proteins in 564 species: Archae - 19; Bacteria - 895; Metazoa - 0; Fungi - 312; Plants - 459; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 117 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:12524581..12527023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 74395.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 673 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEIEQRRIMK REGEEEEDNN QLSLQEEEPD TEEEMSGRTI EPWTKQITVR GVFVSIVIGV VFSVIAQKLN LTTGIVPNLN SSAALLAFVF VQTWTKILKK 101: SGFVAKPFTR QENTMIQTSA VACYGIAVGG GFASYLLGLN HKTYVLSGVN LEGNSPKSVK EPGLGWMTAY LFVVCFIGLF VLIPLRKVMI VDLKLTYPSG 201: LATAVLINGF HTQGDAQAKK QVRGFMKYFS FSFLWGFFQW FFSGIEDCGF AQFPTFGLKA WKQTFFFDFS MTFVGAGMIC SHLVNLSLLL GAILSYGLMW 301: PLLDKLKGSW FPDNLDEHNM KSIYGYKVFL SVALILGDGL YTFVKILFVT IANVNARLKN KPNDLDDVGH KKQRKDLKED ENFLRDKIPM WFAVSGYLTF 401: AAVSTVVVPL IFPQLKWYYV IVAYIFAPSL AFCNAYGAGL TDINMAYNYG KIGLFVIAAV TGRENGVVAG LAGCGLIKSV VSVSCILMQD FKTAHYTMTS 501: PKAMFASQMI GTVVGCIVTP LSFFLFYKAF DIGNPNGEFK APYALIYRNM AILGVQGFSA LPLHCLQMCY GFFGFAVLVN VVRDLTPAKI GRFMPLPTAM 601: AVPFLVGAYF AIDMCVGTLI VFVWEKMNRK KAEFMVPAVA SGLICGEGLW TLPAAVLALA GVKPPICMKF LAS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)