AT4G23920.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : UDP-D-glucose/UDP-D-galactose 4-epimerase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with UDP-D-glucose 4-epimerase activity. Involved in growth and cell wall carbohydrate biosynthesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
UDP-D-glucose/UDP-D-galactose 4-epimerase 2 (UGE2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD-dependent epimerase/dehydratase (InterPro:IPR001509), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), UDP-glucose 4-epimerase (InterPro:IPR005886); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: UDP-D-glucose/UDP-D-galactose 4-epimerase 5 (TAIR:AT4G10960.1); Has 45788 Blast hits to 45762 proteins in 3004 species: Archae - 838; Bacteria - 27545; Metazoa - 690; Fungi - 619; Plants - 1224; Viruses - 37; Other Eukaryotes - 14835 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:12431416..12433666 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38384.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 350 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKSVLVTGG AGYIGSHTVL QLLEGGYSAV VVDNYDNSSA ASLQRVKKLA GENGNRLSFH QVDLRDRPAL EKIFSETKFD AVIHFAGLKA VGESVEKPLL 101: YYNNNIVGTV TLLEVMAQYG CKNLVFSSSA TVYGWPKEVP CTEESPISAT NPYGRTKLFI EEICRDVHRS DSEWKIILLR YFNPVGAHPS GYIGEDPLGV 201: PNNLMPYVQQ VAVGRRPHLT VFGTDYKTKD GTGVRDYIHV MDLADGHIAA LRKLDDLKIS CEVYNLGTGN GTSVLEMVAA FEKASGKKIP LVMAGRRPGD 301: AEVVYASTEK AERELNWKAK NGIEEMCRDL WNWASNNPYG YNSSSNGSSS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)