AT4G23460.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.559 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Adaptin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Adaptin family protein; FUNCTIONS IN: protein transporter activity, clathrin binding, binding; INVOLVED IN: intracellular protein transport, vesicle-mediated transport, protein transport; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain (InterPro:IPR008152), Armadillo-like helical (InterPro:IPR011989), Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal (InterPro:IPR002553), Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain (InterPro:IPR013037), Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, C-terminal subdomain (InterPro:IPR015151), Beta2-adaptin/TATA-box binding, C-terminal (InterPro:IPR012295), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024), Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, appendage, C-terminal subdomain (InterPro:IPR009028), Adaptor protein complex, beta subunit (InterPro:IPR016342), Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, appendage, Ig-like subdomain (InterPro:IPR013041); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Adaptin family protein (TAIR:AT4G11380.1); Has 3513 Blast hits to 3431 proteins in 288 species: Archae - 10; Bacteria - 22; Metazoa - 1477; Fungi - 873; Plants - 441; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 690 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:12243899..12248898 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 99102.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 893 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSGHDSKYFS TTKKGEIPEL KEELNSQYKD KRKDAVKKVI AAMTVGKDVS SLFTDVVNCM QTENLELKKL VYLYLINYAK SQPDLAILAV NTFVKDSQDP 101: NPLIRALAVR TMGCIRVDKI TEYLCDPLQK CLKDDDPYVR KTAAICVAKL FDINAELVED RGFLEALKDL ISDNNPMVVA NAVAALAEIQ ENSTSPIFEI 201: NSTILTKLLT ALNECTEWGQ VFILDALSRY KASDPREAEN IVERVTPRLQ HANCAVVLSA VKMILQQMEL ITSTDVIRNL CKKMAPPLVT LLSAEPEIQY 301: VALRNINLIV QKRPTILAHE IKVFFCKYND PIYVKMEKLE IMIKLASDRN IDQVLLEFKE YATEVDVDFV RKAVRAIGRC AIKLERAAER CISVLLELIK 401: IKVNYVVQEA IIVIKDIFRR YPNTYESIIA TLCESLDTLD EPEAKASMIW IIGEYAERID NADELLESFL ENFPEEPAQV QLQLLTATVK LFLKKPTEGP 501: QQMIQVVLNN ATVETDNPDL RDRAYIYWRL LSTDPEAAKD VVLAEKPVIT DDSNQLDPSL LDELLANIST LSSVYHKPPE AFVTRLKTTV QKTEDEDYVE 601: GSETGYPEAS GNPVDGAASP SATTGYVTKL AAAPAPVPDL LGDLMGSDNA AIVPVDEPTT PSGRPLPVVL PASKGQGLQI SAQLTRQDGQ VFYSMLLENN 701: SQSLLDGFMI QFNKNSFGLA AVGSLQVPPL QPGASARTMM PMVLSQNMST GSTSSVLQVA VKNNQQPVWY FEDKIVLNAL FSEDGRMERG TFLETWKSLP 801: DSNEVQKEFP GITITSVEST LDLLAASNMF FIAKRKNGNQ DVLYLSAKVP RGIPFLIELT AIVGQPGLKC AVKTPTPEIA PLFFEAVEIL FKA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)