AT4G23300.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a cysteine-rich receptor-like protein kinase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 22 (CRK22); FUNCTIONS IN: kinase activity; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 8 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Protein of unknown function DUF26 (InterPro:IPR002902), Serine-threonine/tyrosine-protein kinase (InterPro:IPR001245), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cysteine-rich RLK (RECEPTOR-like protein kinase) 11 (TAIR:AT4G23190.1); Has 103695 Blast hits to 102621 proteins in 3245 species: Archae - 86; Bacteria - 11059; Metazoa - 38425; Fungi - 8064; Plants - 31240; Viruses - 326; Other Eukaryotes - 14495 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:12182002..12184531 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 73852.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 660 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKQRSFLSIL CFILLAFGVA SVSAQTCIEN RKYFTPNGTY DSNRRLILSS LPNNTASQDG FYYGSIGEEQ DRVYALGMCI PRSTPSDCFN CIKGAAGWLI 101: QDCVNQTDAY YWALDPTLCL VRYSNISFSG SAAFWEIEPQ YLVLNTATIA SDLTDFKNIW EDLTSRTITA ASAARSTPSS SDNHYRVDFA NLTKFQNIYA 201: LMQCTPDISS DECNNCLQRG VLEYQSCCGN NTGGYVMRPI CFFRWQLFTF SKAFHNITLA TPPKPPMNVP RPPSVGHGAN TTDNDSRGVS AGIVVVITVP 301: AVVIVLILVV LGFFICWRRK SLQRTEFESD SDVSTTNSLQ YEFKTIEAAT NKFSKSNKLG EGRFGEVYKG KFSNGTEVAV KRLSKVSGQD TKKFRNEAVL 401: VSKIQHRNLA RLLGFCLQGD GKFLIYEFVL NKSLDYFLFD PEKQGELDWT RRYKIIGGIA QGILHLHQDP QLTIIYRDFK ASNILLDADM NPKISDFGMA 501: TVFGMEESRG NTNWIAETFV YMSPEYAVHG KFSMKSDVYS FGILILEIIS GKKNSSLYQN DETTTAGNLV TYAWRLWRNG SQLKLLDSSI GRNYQSNEVT 601: RCIHIALLCV QENPEDRPKL STIVSMLTSN TISVPAPGIP GFFPQSRREL DPLSEGLESG |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)