AT4G22840.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.586 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Sodium Bile acid symporter family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Sodium Bile acid symporter family; FUNCTIONS IN: transporter activity, bile acid:sodium symporter activity; INVOLVED IN: sodium ion transport; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Bile acid:sodium symporter (InterPro:IPR002657); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: bile acid transporter 5 (TAIR:AT4G12030.2); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:11991636..11993676 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44209.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 409 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSVITTPIET LHLKSTLRLL PRAVYRSQRI QVFPPNIFSN TSLSSPLRID PISQVGGSRN LWRRYASDNF SEMGLDPGAD PFKVIEKPSI VDRMKKANSI 101: LPHVVLASTI LALIYPPSFT WFTSRYFVPA LGFLMFAVGI NSNEKDFLEA FKRPKAILLG YVGQYLVKPV LGFIFGLAAV SLFQLPTPIG AGIMLVSCVS 201: GAQLSNYATF LTDPALAPLS IVMTSLSTAT AVLVTPMLSL LLIGKKLPVD VKGMISSILQ VVIAPIAAGL LLNKLFPKVS NAIRPFLPIL SVLDTACCVG 301: APLALNINSV MSPFGATILL LVTMFHLSAF LAGYFLTGSV FRNAPDAKAM QRTLSYETGM QSSLLALALA TKFFQDPLVG IPPAISTVVM SLMGFTLVLI 401: WSKEKSNTF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)