AT4G22150.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.687 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : plant UBX domain-containing protein 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Arabidopsis thaliana CDC48-interacting UBX-domain protein (PUX3) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
plant UBX domain-containing protein 3 (PUX3); INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: UBX (InterPro:IPR001012), SEP domain (InterPro:IPR012989); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: plant UBX domain containing protein 4 (TAIR:AT4G04210.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:11731272..11732800 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40456.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 367 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLVLFLAKHT RIREHALELT RSVLHALGFR VKALFSVLLF HKFDFLIPNP FPFYSDQSSE KSIGDMSSKD KKLSKPTSGR TGGIRTLSDL NRRSEPDSDS 101: DSDGPQEYFT GGEKSGMLVQ DPTKEPKHDD VDEIFNQARQ LGAVEGPLEH PSSSRSFTGT GRLLSGESVP TALQQPEPVI HNIIFWSNGF TVDDGPLRKL 201: DDPENASFLD SIRKSECPKE LEPVDKRAPV HVNLMRRDEK CPEKEKLKVS FQGVGRTLGG ASSSTASSQS NLTDVAAVQS PLQSLVVDET LPSTSIQLRL 301: ADGTRMVAKF NNHHTVNDIR GFIEFSRPGN PNNYTLQVMG FPPKPLTDPS QTIEQAGLAS SVVIQKF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)