AT4G21790.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tobamovirus multiplication 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a host factor that is required for TMV virus multiplication. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tobamovirus multiplication 1 (TOM1); INVOLVED IN: viral replication complex formation and maintenance; LOCATED IN: vacuolar membrane, plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1084 (InterPro:IPR009457); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tobamovirus multiplication protein 3 (TAIR:AT2G02180.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:11569924..11572163 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33011.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 291 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTDSGLMMPA EIAGILTTAI TSWWDDVNES TQWQDGIFFA LCGAYALVSA VALVQLIRIQ MRVPEYGWTT QKVFHLMNFV VNGVRAVLFG FHMQVFLVHP 101: KALCWVLLDL PGLLFFSAYT LLVLFWAEIY HQARSLPTDK LRITYISVNV AVYLAQIGIW AYIWVHDNST VELVGKIFIA VVSFIAALGF LLYGGRLFFM 201: LRRFPIESKG RRKKLHEVGS VTAICFTCFL IRCVVVAVSA FDKDLTLDVL DHPVLNLIYY MVVEVLPSAL VLFILRKLPP KRVSAQYHPI Q |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)